L’Institut Bergonié recrute un Bioinformaticien
Missions principales :
Vous travaillerez dans le cadre du projet LearnCHIP sur la mise au point d’un modèle prédictif de l’origine CHIP ou tumorale des variants détectés sur biopsie liquide, en collaboration avec l’Unité de Pathologie Moléculaire (unité coordinatrice du projet), le Centre de Ressources Biologiques, l’Unité de Recherche clinique en Biopathologie, le Département de Recherche Clinique et d’Innovation (DRCI) et le prestataire externe de séquençage choisi, sur les missions suivantes :
Développer et mettre en production dans les temps impartis les outils bio-informatiques nécessaires :
- au lancement du projet sur la requête de la cohorte de patients cibles.
- à l’export, la structuration, l’analyse et l’annotation des données destinées à alimenter la base d’entraînement et de validation du modèle prédictif.
- à la centralisation des données obtenues dans un eCRF structuré.
- à la traçabilité des actions techniques de chaque équipe impliquée dans le projet.
Activités générales :
- Développer un outil de sélection des patients éligibles sur la base de critères d’inclusion prédéfinis et permettant de tracer les actions techniques et analytiques effectuées sur leurs prélèvements.
- Développer un outil croisant pour chaque patient inclus les données moléculaires issues de leurs prélèvements tumoraux, plasmatiques et leucocytaires pour permettre aux biologistes de l’unité de
pathologie moléculaire d’annoter l’origine des variants plasmatiques. - Développer un outil d’analyse in silico des caractéristiques fragmentomiques associées aux variants plasmatiques d’intérêt.
- Centraliser l’ensemble des données cliniques et moléculaires obtenues dans un eCRF structuré au moyen d’un outil d’import automatique, en vue de leur traitement ultérieur par un data-scientist
(étape de machine learning).
Activités spécifiques :
- Se former à l’utilisation des systèmes informatiques et solutions logicielles utilisés par les équipes impliquées de l’institut Bergonié (ArianeDx, Hexalis, Redcap, GenVarXplorer,…).
- Participer au suivi du projet.
- Tenir compte des nouvelles données de la littérature pour la conception et le développement des outils précités.
- Travailler en équipe avec les autres bio-informaticiens de l’unité pour la bonne articulation des différents projets.
- Interagir avec l’unité de Pathologie Moléculaire et les autres équipes impliquées en adéquation avec les besoins des projets.
Profil attendu :
- Ingénieur (bio-)informatique (biologie/santé), Master bio-informatique, ou équivalent.
- Appétence pour les données.
- Expérience dans la compréhension, l’analyse et la manipulation des données génomiques.
- Connaissance en cancérologie sera appréciée favorablement.
Compétences requises :
- Travail sous environnement linux.
- Maîtrise du langage Python.
- Développement application web (Python FastAPI).
- Gestion de version Git.
- Connaissance des SGBD.
- Autonomie et capacité d’apprentissage rapide.
Caractéristiques du poste :
Poste en 39h – du lundi au vendredi
Rémunération : À l’embauche à partir de 39K€ brut annuel, statut cadre, télétravail possible.
